La qualità degli ingredienti impiegati in acquacoltura è fortemente legata alla loro digeribilità e tollerabilità. L’impiego di mangimi a base vegetale quale alternativa ai mangimi a base di farina di pesce per l’alimentazione di pesci teleostei carnivori può risultare scarsamente digeribile e portare talvolta ad infiammazione a livello dell’apparato digerente dell’animale, con conseguenti ripercussioni sulle performance zootecniche e sul benessere dell’animale. Un forte contributo alla digestione e biotrasformazione dei nutrienti è esplicato dal microbiota intestinale, ovvero la comunità microbica residente nel tratto digerente.